O Conselho Universitário é o órgão máximo de natureza normativa, consultiva e deliberativa da Universidade em matéria administrativa e de política universitária. Segundo o art.13 do estatudo da UFS, a ele compete:

I. aprovar a política e o Plano Geral da Universidade;

II. aprovar reformas do presente Estatuto e do Regimento Geral, submetendo-os à aprovação dos órgãos competentes;

III. aprovar seu Regimento Interno, o da Reitoria, os dos Centros e os dos Órgãos Suplementares, bem como suas reformas;

IV. integrar o Colégio Eleitoral de que trata o artigo 22, para a preparação das listas tríplices para as escolhas do Reitor e Vice-Reitor;

V. conhecer do veto do Reitor às suas deliberações;

VI. julgar os recursos contra atos do Reitor;

VII. apurar a responsabilidade do Reitor ou do Vice-Reitor, em casos de infringência de legislação do ensino ou do preceito estatutário ou regimental, e encaminhar ao Ministro da Educação e do Desporto a respectiva conclusão, quando constatada culpabilidade;

VIII. homologar decisão ou deliberar sobre a suspensão temporária, total ou parcial, do funcionamento da Universidade, ou sobre intervenção em qualquer Centro;

IX. manifestar-se sobre a destituição do Diretor de Centro;

X. julgar os recursos de decisões dos Conselhos Acadêmicos em matéria de sua competência;

XI. decidir, à vista dos planos aprovados pelo Conselho de Ensino, da Pesquisa e da Extensão, sobre a criação, organização e extinção de cursos, Unidades e subunidades de Ensino (Centro e Departamentos);

XII. outorgar, por iniciativa própria ou por proposição da Reitoria ou de qualquer dos Centros Universitários, os títulos honoríficos e medalhas de mérito previstos neste Estatuto;

XIII. deliberar originariamente ou em grau de recurso sobre os casos omissos neste Estatuto, no Regimento Geral e nos demais Regimentos, e, 

XIV. conhecer e julgar recursos de decisão do Conselho do Ensino, da pesquisa e da Extensão, por arguição de ilegalidade.

Fonte: Estatuto da UFS (Resolução Nº21/99/CONSU alterado pelas Resoluções n° 10/2007/CONSU e 01/2014/CONSU)