O Conselho Diretor (CD), órgão máximo da Fundação Universidade Federal de Sergipe, tem por finalidade exercer a administração da fundação e superintender as atividades financeiras da Universidade Federal de Sergipe.

O CD é constituído de 6 (seis) membros e 6 (seis) respectivos suplentes nomeados pelo presidente da República, escolhidos dentre pessoas de ilibada reputação e notória competência assim especificados:

I. 3 (três) membros e suplentes de livre escolha do chefe do Poder Executivo Federal;

II. 1 (um) membro e suplente indicados pelo Ministro da Educação;

III. 1 (um) membro e suplente indicados pelo governador do Estado de Sergipe;

IV. 1 (um) membro e suplente indicados pelo presidente da Petrobras;

§1° - Os membros do Conselho Diretor exercerão o mandato por 6 (seis) anos, podendo ser reconduzidos uma só vez.

§2º - O Conselho Diretor será renovado em um terço (1/3) a cada 2 (dois) anos.

§3º - O mandato de membro do Conselho Diretor será considerado extinto nos seguintes casos:

a) morte;

b) renúncia;

c) invalidez comprovada;

d) ausência sem justificativa a 3 (três) reuniões consecutivas;

e) procedimento incompatível com a dignidade das funções assegurada ampla defesa.

§4º - Nos casos de vaga, ausência e impedimento assumirá o respectivo suplente.